윤종구(尹鍾求, 1933년 7월 24일 ~ )는 대한민국의 의사, 의학자, 대학 교수이다. 서울대학교 의과대학 졸업 후 모교인 서울대학교 의과대학 소아과학교실 조교수와 부교수, 교수 등을 역임하였다. 병리학자 윤일선의 아들이며 대한민국의 제4대 대통령 윤보선의 종질이다. 본관은 해평이다.
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